Система Министерства юстиции не ограничивается только центральным аппаратом. В её состав входят Министерство юстиции Республики Каракалпакстан, управления юстиции областей и города Ташкента, районные и городские отделы юстиции, центры оказания юридических услуг, центры государственных услуг, органы ЗАГС, архивные учреждения, центр судебной экспертизы, центр правовой информации, центр развития информационно-коммуникационных технологий, центр интеллектуальной собственности, государственные нотариальные конторы, Институт переподготовки и повышения квалификации юридических кадров, Институт анализа законодательства и оценки регуляторного воздействия, Ташкентский государственный юридический университет и юридические техникумы.
Органы и учреждения юстиции независимы от местных органов власти и непосредственно подчиняются Министерству.